Cøliaki er en sygdom, der opstår i fordøjelsessystemet, hvis man er arveligt glutenoverfølsom. Den gluten der er i kosten resulterer i en kraftig betændelsesreaktion i fordøjelsessystemet p.g.a. den nedarvede overfølsomhed,; tyndtarmens overflade ødelægges som resultat og kroppen mister evnen til at optage næringsstoffer fra maden. I nogle tilfælde kommer der også betændelsesreaktioner andre steder i kroppen end i tarmen.

Næringsstofferne kan ikke optages, fordi tarmens villi ødelægges. Villi er de bittesmå fimrehår i tyndtarmen, der optager næringsstoffer fra maden, når den bevæger sig igennem tyndtarmen. Når disse villi beskadiges, kan kroppen ikke længere optage næringsstofferne protein, kulhydrater, fedt, vitaminer og mineraler. Resultatet er fejlernæring - uanset hvor meget og hvor sundt man spiser.